A estomatologia divide-se em:
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Área Médica que inclui a dor facial, patologia óssea maxilar, das glândulas salivares, do sistema vascular e linfático e da mucosa oral. Patologia que podem ser primárias ou manifestação de doença sistémica muitas vezes como sinais de alerta para essas mesmas doenças.
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Área Cirúrgica que inclui a cirurgia dos maxilares, dos traumatismos oro maxilares, patologia oncológica oral e cirurgia dos órgãos anexos da cavidade oral. Muitas destas áreas são de fronteira com outras especialidades o que permite a interdisciplinaridade de tratamento.
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Área dentária que inclui as alterações patológicas do órgão dentário como a cárie, a má oclusão e as malformações dento maxilares. Neste campo devemos ainda incluir a patologia gengival, a ortopedia dento facial a reabilitação oral nas suas formas mais atuais como a implantologia.